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L'objectif principal des recherches de l’équipe PHARE est de comprendre les mécanismes d’acclimatation et d’adaptation des arbres à un environnement changeant.
Les facteurs environnementaux étudiés sont la sécheresse (atmosphérique et édaphique), la pollution atmosphérique (ozone) et les fortes températures_.

Nous nous intéressons à la fois aux processus physiologiques (détoxication cellulaire, échanges gazeux, croissance, …) impliqués dans la réponse aux variations de l’environnement et à la diversité de ces réponses aux niveaux inter et intra-spécifiques. Nous mettons en œuvre des approches mécanistes et intégratives en couplant différentes disciplines (biologie moléculaire, anatomie, physiologie, biomécanique, …), et ce, dans les différents organes de la plante. L’étude de la plasticité phénotypique (à l’échelle de l’individu) est complétée par l’étude de la diversité génétique (différences entre génotypes, populations, espèces) et en interface avec des questions écologiques.

Pour réaliser ces recherches l'équipe s'appuie sur des techniques et instruments spécifiques variés : expression de gènes (qPCR, analyse du transcriptome), détection de QTL, échanges gazeux foliaires, chimie analytique, spectrométrie de masse isotopique, microscopie électronique, cinématique de la croissance par imagerie in vivo sous lumière infrarouge, robot d’imagerie automatisée des systèmes racinaires (ROSI), serres régulées en température avec robots d’irrigation, phytotrons avec dispositif de fumigation d’ozone et de forte concentration en  CO₂, dispositifs en pépinière et forêts..